# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 4 2 2 0 7:2 5 8
2 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 4 2 1 1 8:5 3 7
  Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 4 2 1 1 8:5 3 7
4 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 4 2 1 1 7:4 3 7
5 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 4 2 1 1 3:3 0 7
6 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 4 1 3 0 2:1 1 6
7 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 4 2 0 2 5:7 -2 6
8 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 4 1 2 1 4:5 -1 5
9 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 4 1 1 2 5:5 0 4
10 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 4 1 1 2 5:6 -1 4
11 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 4 1 1 2 2:5 -3 4
12 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 4 1 0 3 6:6 0 3
13 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 4 0 3 1 5:6 -1 3
14 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 4 0 1 3 3:6 -3 1
15 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 4 0 1 3 2:7 -5 1
16 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 4 0 1 3 2:8 -6 1
17 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 4 0 1 3 3:11 -8 1
18 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 4 0 1 3 1:11 -10 1
19 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 4 0 0 4 3:9 -6 0
  Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 4 0 0 4 3:9 -6 0
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.