# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 13 8 3 2 28:12 16 27
2 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 12 6 4 2 17:11 6 22
3 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 12 6 2 4 16:14 2 20
4 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 12 5 4 3 12:9 3 19
5 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 12 5 4 3 14:12 2 19
6 FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 12 4 6 2 13:10 3 18
7 TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 12 4 6 2 14:12 2 18
8 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 12 4 4 4 11:12 -1 16
9 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 12 4 3 5 10:16 -6 15
10 FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 12 4 2 6 15:18 -3 14
11 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 12 3 4 5 10:16 -6 13
12 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 12 3 4 5 11:21 -10 13
13 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 11 2 5 4 19:22 -3 11
14 FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 12 2 4 6 6:14 -8 10
15 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 12 1 6 5 12:18 -6 9
16 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 11 2 2 7 13:21 -8 8
17 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 12 2 1 9 10:24 -14 7
18 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 13 1 3 9 15:33 -18 6
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.