# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 4 3 1 0 5:0 5 10
  FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 4 3 1 0 5:0 5 10
3 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 4 3 1 0 4:0 4 10
4 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 4 2 1 1 3:2 1 7
5 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 4 2 1 1 2:1 1 7
6 TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 4 1 3 0 3:1 2 6
7 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 4 1 3 0 5:4 1 6
8 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 4 2 0 2 3:3 0 6
9 FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 4 1 2 1 3:3 0 5
  SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 4 1 2 1 3:3 0 5
11 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 4 1 1 2 4:5 -1 4
12 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 4 1 1 2 1:2 -1 4
13 Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 4 1 1 2 3:6 -3 4
14 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 4 0 3 1 4:5 -1 3
15 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 4 0 2 2 1:3 -2 2
16 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 4 0 2 2 3:6 -3 2
17 FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 4 0 2 2 2:5 -3 2
18 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 4 0 1 3 1:6 -5 1
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.