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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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VfL Osnabrück | 14 | 9 | 3 | 2 | 15:4 | 11 | 30 |
| 2 |
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Wacker Burghausen | 14 | 9 | 3 | 2 | 15:5 | 10 | 30 |
| 3 |
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Preußen Münster | 14 | 8 | 5 | 1 | 15:4 | 11 | 29 |
| 4 |
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Kickers Offenbach | 14 | 7 | 4 | 3 | 16:8 | 8 | 25 |
| 5 |
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Arminia Bielefeld | 14 | 5 | 7 | 2 | 10:8 | 2 | 22 |
| 6 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 14 | 5 | 5 | 4 | 15:12 | 3 | 20 |
| 7 |
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Stuttgarter Kickers | 14 | 5 | 5 | 4 | 11:8 | 3 | 20 |
| 8 |
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SpVgg Unterhaching | 14 | 6 | 2 | 6 | 16:15 | 1 | 20 |
| 9 |
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Hansa Rostock | 14 | 5 | 5 | 4 | 7:10 | -3 | 20 |
| 10 |
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Karlsruher SC | 14 | 4 | 7 | 3 | 11:5 | 6 | 19 |
| 11 |
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Chemnitzer FC | 14 | 4 | 7 | 3 | 10:9 | 1 | 19 |
| 12 |
|
Alemannia Aachen | 14 | 4 | 6 | 4 | 12:12 | 0 | 18 |
| 13 |
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VfB Stuttgart II | 14 | 4 | 4 | 6 | 10:9 | 1 | 16 |
| 14 |
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1. FC Saarbrücken | 14 | 4 | 4 | 6 | 9:13 | -4 | 16 |
| 15 |
|
Hallescher FC | 14 | 3 | 5 | 6 | 7:14 | -7 | 14 |
| 16 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 14 | 2 | 7 | 5 | 8:13 | -5 | 13 |
| 17 |
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SV Babelsberg 03 | 14 | 2 | 7 | 5 | 3:10 | -7 | 13 |
| 18 |
|
SV Darmstadt 98 | 14 | 2 | 4 | 8 | 8:15 | -7 | 10 |
| 19 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 14 | 3 | 1 | 10 | 5:18 | -13 | 10 |
| 20 |
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Borussia Dortmund II | 14 | 2 | 3 | 9 | 6:17 | -11 | 9 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
