# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 7 5 1 1 11:4 7 16
  Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 7 5 1 1 11:4 7 16
3 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 7 4 3 0 14:5 9 15
4 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 7 4 2 1 9:4 5 14
5 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 7 4 2 1 10:6 4 14
6 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 7 4 1 2 15:9 6 13
7 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 7 4 1 2 13:9 4 13
8 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 7 4 1 2 16:14 2 13
9 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 7 4 1 2 14:12 2 13
10 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 7 3 2 2 6:4 2 11
11 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 7 2 4 1 8:3 5 10
12 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 7 2 2 3 8:7 1 8
13 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 7 2 2 3 8:10 -2 8
  SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 7 2 2 3 8:10 -2 8
15 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 7 1 4 2 7:8 -1 7
16 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 7 1 3 3 9:13 -4 6
17 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 7 1 3 3 6:10 -4 6
18 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 7 2 0 5 5:11 -6 6
19 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 7 1 2 4 8:11 -3 5
20 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 7 1 2 4 7:14 -7 5
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.