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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Arminia Bielefeld | 21 | 11 | 5 | 5 | 16:10 | 6 | 38 |
| 2 |
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Karlsruher SC | 21 | 7 | 12 | 2 | 11:6 | 5 | 33 |
| 3 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 21 | 9 | 5 | 7 | 17:14 | 3 | 32 |
| 4 |
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SpVgg Unterhaching | 21 | 7 | 10 | 4 | 13:8 | 5 | 31 |
| 5 |
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Preußen Münster | 21 | 8 | 7 | 6 | 13:11 | 2 | 31 |
| 6 |
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Hansa Rostock | 21 | 7 | 9 | 5 | 14:10 | 4 | 30 |
| 7 |
|
SV Darmstadt 98 | 21 | 7 | 9 | 5 | 8:8 | 0 | 30 |
| 8 |
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SV Babelsberg 03 | 21 | 8 | 6 | 7 | 12:14 | -2 | 30 |
| 9 |
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SV Wehen Wiesbaden | 21 | 6 | 10 | 5 | 14:10 | 4 | 28 |
| 10 |
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VfB Stuttgart II | 21 | 6 | 10 | 5 | 11:9 | 2 | 28 |
| 11 |
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VfL Osnabrück | 21 | 5 | 11 | 5 | 7:7 | 0 | 26 |
| 12 |
|
Wacker Burghausen | 21 | 6 | 8 | 7 | 11:12 | -1 | 26 |
| 13 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 21 | 6 | 8 | 7 | 13:15 | -2 | 26 |
| 14 |
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Chemnitzer FC | 21 | 5 | 10 | 6 | 13:13 | 0 | 25 |
| 15 |
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1. FC Saarbrücken | 21 | 6 | 7 | 8 | 15:18 | -3 | 25 |
| 16 |
|
Kickers Offenbach | 21 | 6 | 6 | 9 | 11:14 | -3 | 24 |
| 17 |
|
Borussia Dortmund II | 21 | 5 | 8 | 8 | 10:14 | -4 | 23 |
| 18 |
|
Stuttgarter Kickers | 21 | 4 | 9 | 8 | 8:11 | -3 | 21 |
| 19 |
|
Hallescher FC | 21 | 2 | 13 | 6 | 5:11 | -6 | 19 |
| 20 |
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Alemannia Aachen | 21 | 2 | 11 | 8 | 5:12 | -7 | 17 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
