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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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VfL Osnabrück | 21 | 13 | 5 | 3 | 24:6 | 18 | 44 |
| 2 |
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Preußen Münster | 21 | 11 | 9 | 1 | 22:6 | 16 | 42 |
| 3 |
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Karlsruher SC | 21 | 9 | 9 | 3 | 25:7 | 18 | 36 |
| 4 |
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Wacker Burghausen | 21 | 10 | 4 | 7 | 17:16 | 1 | 34 |
| 5 |
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Arminia Bielefeld | 21 | 8 | 9 | 4 | 17:11 | 6 | 33 |
| 6 |
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Kickers Offenbach | 21 | 8 | 8 | 5 | 18:11 | 7 | 32 |
| 7 |
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SpVgg Unterhaching | 21 | 9 | 5 | 7 | 23:18 | 5 | 32 |
| 8 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 21 | 8 | 7 | 6 | 19:18 | 1 | 31 |
| 9 |
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VfB Stuttgart II | 21 | 8 | 5 | 8 | 16:13 | 3 | 29 |
| 10 |
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Stuttgarter Kickers | 21 | 7 | 8 | 6 | 15:12 | 3 | 29 |
| 11 |
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Chemnitzer FC | 21 | 6 | 11 | 4 | 17:15 | 2 | 29 |
| 12 |
|
1. FC Saarbrücken | 21 | 7 | 6 | 8 | 13:17 | -4 | 27 |
| 13 |
|
Hallescher FC | 21 | 6 | 6 | 9 | 12:19 | -7 | 24 |
| 14 |
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Hansa Rostock | 21 | 5 | 9 | 7 | 8:17 | -9 | 24 |
| 15 |
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Alemannia Aachen | 21 | 5 | 8 | 8 | 15:20 | -5 | 23 |
| 16 |
|
SV Babelsberg 03 | 21 | 3 | 12 | 6 | 5:12 | -7 | 21 |
| 17 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 21 | 5 | 5 | 11 | 11:23 | -12 | 20 |
| 18 |
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SV Wehen Wiesbaden | 21 | 3 | 9 | 9 | 12:21 | -9 | 18 |
| 19 |
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Borussia Dortmund II | 21 | 3 | 6 | 12 | 9:24 | -15 | 15 |
| 20 |
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SV Darmstadt 98 | 21 | 2 | 7 | 12 | 10:22 | -12 | 13 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
