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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SV Wehen Wiesbaden | 32 | 17 | 8 | 7 | 38:18 | 20 | 59 |
| 2 |
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SC Paderborn 07 | 32 | 16 | 9 | 7 | 39:18 | 21 | 57 |
| 3 |
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Karlsruher SC | 32 | 15 | 10 | 7 | 24:11 | 13 | 55 |
| 4 |
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Würzburger Kickers | 32 | 14 | 11 | 7 | 29:24 | 5 | 53 |
| 5 |
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1. FC Magdeburg | 32 | 13 | 12 | 7 | 24:14 | 10 | 51 |
| 6 |
|
SG Sonnenhof Großaspach | 32 | 13 | 9 | 10 | 25:23 | 2 | 48 |
| 7 |
|
Fortuna Köln | 32 | 13 | 8 | 11 | 25:18 | 7 | 47 |
| 8 |
|
Hallescher FC | 32 | 13 | 6 | 13 | 23:23 | 0 | 45 |
| 9 |
|
SpVgg Unterhaching | 32 | 12 | 8 | 12 | 26:27 | -1 | 44 |
| 10 |
|
Hansa Rostock | 32 | 11 | 10 | 11 | 21:20 | 1 | 43 |
| 11 |
|
Preußen Münster | 32 | 10 | 10 | 12 | 21:19 | 2 | 40 |
| 12 |
|
VfL Osnabrück | 32 | 9 | 12 | 11 | 23:25 | -2 | 39 |
| 13 |
|
Sportfreunde Lotte | 32 | 9 | 12 | 11 | 20:24 | -4 | 39 |
|
SV Meppen | 32 | 10 | 9 | 13 | 20:24 | -4 | 39 | |
| 15 |
|
FSV Zwickau | 32 | 9 | 12 | 11 | 16:22 | -6 | 39 |
| 16 |
|
VfR Aalen | 32 | 9 | 10 | 13 | 22:30 | -8 | 37 |
| 17 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 32 | 8 | 11 | 13 | 18:27 | -9 | 35 |
| 18 |
|
Chemnitzer FC | 32 | 7 | 11 | 14 | 21:40 | -19 | 32 |
| 19 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 32 | 5 | 13 | 14 | 16:28 | -12 | 28 |
| 20 |
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Werder Bremen II | 32 | 5 | 13 | 14 | 15:31 | -16 | 28 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Rot-Weiß Erfurt wurde nach Eröffnung des Insolvenzverfahrens mit einem Abzug von neun Punkten belegt. Ein weiterer Punkt wurde RWE wegen eines Verstoßes gegen Zulassungsauflagen abgezogen. # Der Chemnitzer FC wurde nach Eröffnung des Insolvenzverfahrens mit einem Abzug von neun Punkten belegt. |
