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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Eintracht Braunschweig | 26 | 14 | 7 | 5 | 18:8 | 10 | 49 |
| 2 |
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1. FC Kaiserslautern | 26 | 12 | 11 | 3 | 18:8 | 10 | 47 |
| 3 |
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1. FC Union Berlin | 26 | 12 | 9 | 5 | 23:13 | 10 | 45 |
| 4 |
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Hertha BSC | 26 | 9 | 13 | 4 | 14:5 | 9 | 40 |
| 5 |
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1. FC Köln | 26 | 9 | 11 | 6 | 13:9 | 4 | 38 |
| 6 |
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TSV 1860 München | 26 | 8 | 12 | 6 | 12:8 | 4 | 36 |
| 7 |
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Energie Cottbus | 26 | 10 | 6 | 10 | 14:13 | 1 | 36 |
| 8 |
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FSV Frankfurt | 26 | 9 | 8 | 9 | 14:12 | 2 | 35 |
| 9 |
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VfR Aalen | 26 | 8 | 11 | 7 | 10:11 | -1 | 35 |
| 10 |
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Jahn Regensburg | 26 | 8 | 10 | 8 | 16:15 | 1 | 34 |
| 11 |
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SC Paderborn 07 | 26 | 7 | 12 | 7 | 11:11 | 0 | 33 |
| 12 |
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Dynamo Dresden | 26 | 8 | 8 | 10 | 15:17 | -2 | 32 |
| 13 |
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Erzgebirge Aue | 26 | 6 | 10 | 10 | 13:20 | -7 | 28 |
| 14 |
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FC Ingolstadt 04 | 26 | 5 | 12 | 9 | 9:11 | -2 | 27 |
| 15 |
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SV Sandhausen | 26 | 6 | 8 | 12 | 15:24 | -9 | 26 |
| 16 |
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VfL Bochum | 26 | 5 | 10 | 11 | 10:18 | -8 | 25 |
| 17 |
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MSV Duisburg | 26 | 4 | 11 | 11 | 8:20 | -12 | 23 |
| 18 |
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FC St. Pauli | 26 | 3 | 13 | 10 | 7:17 | -10 | 22 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
