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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SC Paderborn 07 | 24 | 12 | 8 | 4 | 22:8 | 14 | 44 |
| 2 |
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1. FC Union Berlin | 24 | 11 | 10 | 3 | 16:6 | 10 | 43 |
| 3 |
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Kickers Emden | 24 | 11 | 9 | 4 | 16:5 | 11 | 42 |
| 4 |
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SV Sandhausen | 24 | 10 | 9 | 5 | 16:11 | 5 | 39 |
| 5 |
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Eintracht Braunschweig | 24 | 10 | 7 | 7 | 18:14 | 4 | 37 |
| 6 |
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SpVgg Unterhaching | 24 | 9 | 9 | 6 | 18:13 | 5 | 36 |
| 7 |
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Bayern München II | 24 | 7 | 12 | 5 | 11:10 | 1 | 33 |
| 8 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 24 | 7 | 11 | 6 | 15:11 | 4 | 32 |
| 9 |
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Fortuna Düsseldorf | 24 | 7 | 11 | 6 | 14:11 | 3 | 32 |
| 10 |
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Werder Bremen II | 24 | 6 | 14 | 4 | 16:17 | -1 | 32 |
| 11 |
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VfB Stuttgart II | 24 | 8 | 7 | 9 | 17:14 | 3 | 31 |
| 12 |
|
Kickers Offenbach | 24 | 5 | 11 | 8 | 8:11 | -3 | 26 |
| 13 |
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Wacker Burghausen | 24 | 5 | 11 | 8 | 12:16 | -4 | 26 |
| 14 |
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Erzgebirge Aue | 24 | 5 | 11 | 8 | 11:16 | -5 | 26 |
| 15 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 24 | 5 | 10 | 9 | 8:19 | -11 | 25 |
| 16 |
|
Stuttgarter Kickers | 24 | 3 | 15 | 6 | 14:18 | -4 | 24 |
| 17 |
|
VfR Aalen | 24 | 3 | 14 | 7 | 6:13 | -7 | 23 |
| 18 |
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Dynamo Dresden | 24 | 3 | 13 | 8 | 11:17 | -6 | 22 |
| 19 |
|
Wuppertaler SV | 24 | 3 | 12 | 9 | 9:17 | -8 | 21 |
| 20 |
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Jahn Regensburg | 24 | 3 | 10 | 11 | 5:16 | -11 | 19 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
