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| Tabelle | Heim | » Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SC Paderborn 07 | 13 | 9 | 0 | 4 | 31:19 | 12 | 27 |
| 2 |
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1. FC Union Berlin | 12 | 6 | 4 | 2 | 16:9 | 7 | 22 |
| 3 |
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Kickers Emden | 13 | 6 | 4 | 3 | 14:11 | 3 | 22 |
| 4 |
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Fortuna Düsseldorf | 13 | 6 | 1 | 6 | 16:10 | 6 | 19 |
| 5 |
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Bayern München II | 13 | 3 | 7 | 3 | 15:14 | 1 | 16 |
| 6 |
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Erzgebirge Aue | 13 | 3 | 5 | 5 | 18:20 | -2 | 14 |
| 7 |
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SV Sandhausen | 13 | 3 | 5 | 5 | 17:23 | -6 | 14 |
| 8 |
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Rot-Weiß Erfurt | 13 | 3 | 4 | 6 | 12:15 | -3 | 13 |
| 9 |
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Jahn Regensburg | 13 | 2 | 7 | 4 | 14:20 | -6 | 13 |
| 10 |
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VfB Stuttgart II | 12 | 3 | 3 | 6 | 20:21 | -1 | 12 |
| 11 |
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SpVgg Unterhaching | 13 | 3 | 3 | 7 | 15:28 | -13 | 12 |
| 12 |
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Eintracht Braunschweig | 12 | 3 | 2 | 7 | 9:17 | -8 | 11 |
| 13 |
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FC Carl Zeiss Jena | 12 | 3 | 2 | 7 | 12:21 | -9 | 11 |
| 14 |
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Wacker Burghausen | 12 | 2 | 4 | 6 | 12:23 | -11 | 10 |
| 15 |
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Kickers Offenbach | 12 | 1 | 6 | 5 | 8:14 | -6 | 9 |
| 16 |
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Dynamo Dresden | 12 | 2 | 3 | 7 | 8:15 | -7 | 9 |
| 17 |
|
Wuppertaler SV | 12 | 2 | 3 | 7 | 6:15 | -9 | 9 |
| 18 |
|
VfR Aalen | 12 | 1 | 6 | 5 | 7:21 | -14 | 9 |
| 19 |
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Stuttgarter Kickers | 13 | 1 | 4 | 8 | 13:28 | -15 | 7 |
| 20 |
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Werder Bremen II | 12 | 1 | 2 | 9 | 9:22 | -13 | 5 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
