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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Union Berlin | 32 | 16 | 14 | 2 | 32:10 | 22 | 62 |
| 2 |
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Fortuna Düsseldorf | 32 | 17 | 8 | 7 | 28:13 | 15 | 59 |
| 3 |
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SC Paderborn 07 | 32 | 12 | 13 | 7 | 29:19 | 10 | 49 |
| 4 |
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Kickers Offenbach | 32 | 12 | 13 | 7 | 26:17 | 9 | 49 |
| 5 |
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Bayern München II | 32 | 12 | 12 | 8 | 27:17 | 10 | 48 |
| 6 |
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Erzgebirge Aue | 32 | 11 | 12 | 9 | 23:17 | 6 | 45 |
| 7 |
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Dynamo Dresden | 32 | 11 | 12 | 9 | 20:16 | 4 | 45 |
| 8 |
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VfB Stuttgart II | 32 | 11 | 10 | 11 | 27:25 | 2 | 43 |
| 9 |
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SV Sandhausen | 32 | 10 | 13 | 9 | 29:29 | 0 | 43 |
| 10 |
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SpVgg Unterhaching | 32 | 10 | 13 | 9 | 22:23 | -1 | 43 |
| 11 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 32 | 11 | 9 | 12 | 20:24 | -4 | 42 |
| 12 |
|
Jahn Regensburg | 32 | 9 | 13 | 10 | 21:25 | -4 | 40 |
| 13 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 32 | 9 | 11 | 12 | 23:27 | -4 | 38 |
| 14 |
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Eintracht Braunschweig | 32 | 8 | 14 | 10 | 15:19 | -4 | 38 |
| 15 |
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Kickers Emden | 32 | 8 | 12 | 12 | 18:26 | -8 | 36 |
| 16 |
|
Wuppertaler SV | 32 | 6 | 17 | 9 | 15:22 | -7 | 35 |
| 17 |
|
VfR Aalen | 32 | 6 | 15 | 11 | 16:24 | -8 | 33 |
| 18 |
|
Werder Bremen II | 32 | 6 | 13 | 13 | 20:28 | -8 | 31 |
| 19 |
|
Wacker Burghausen | 32 | 6 | 13 | 13 | 21:32 | -11 | 31 |
| 20 |
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Stuttgarter Kickers | 32 | 5 | 11 | 16 | 17:36 | -19 | 26 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
