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| 17.04.2009 | 19:00 | SV Sandhausen | - | VfB Stuttgart II | 1:1 (0:0) | |
| 18.04.2009 | 14:00 | Erzgebirge Aue | - | Kickers Emden | 3:0 (1:0) | |
| 14:00 | VfR Aalen | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:2 (2:0) | ||
| 14:00 | Werder Bremen II | - | Eintracht Braunschweig | 1:1 (1:1) | ||
| 14:00 | SC Paderborn 07 | - | Dynamo Dresden | 1:2 (0:1) | ||
| 14:00 | Stuttgarter Kickers | - | Wuppertaler SV | 0:1 (0:1) | ||
| 14:00 | SpVgg Unterhaching | - | Kickers Offenbach | 1:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | Wacker Burghausen | 0:3 (0:0) | ||
| 19.04.2009 | 14:00 | Jahn Regensburg | - | Bayern München II | 1:2 (1:1) | |
| 14:00 | Fortuna Düsseldorf | - | 1. FC Union Berlin | 0:1 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
1. FC Union Berlin | 32 | 20 | 10 | 2 | 53:18 | 35 | 70 |
| 2 |
|
SC Paderborn 07 | 32 | 17 | 7 | 8 | 54:31 | 23 | 58 |
| 3 |
|
SpVgg Unterhaching | 32 | 17 | 6 | 9 | 48:39 | 9 | 57 |
| 4 |
|
Fortuna Düsseldorf | 32 | 16 | 7 | 9 | 44:27 | 17 | 55 |
| 5 |
|
Bayern München II | 32 | 12 | 14 | 6 | 41:30 | 11 | 50 |
| 6 |
|
Kickers Emden | 32 | 13 | 9 | 10 | 38:36 | 2 | 48 |
| 7 |
|
Kickers Offenbach | 32 | 12 | 11 | 9 | 37:29 | 8 | 47 |
| 8 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 32 | 13 | 7 | 12 | 40:39 | 1 | 46 |
| 9 |
|
SV Sandhausen | 32 | 11 | 10 | 11 | 48:44 | 4 | 43 |
| 10 |
|
Erzgebirge Aue | 32 | 11 | 10 | 11 | 39:35 | 4 | 43 |
| 11 |
|
VfB Stuttgart II | 32 | 11 | 9 | 12 | 50:41 | 9 | 42 |
| 12 |
|
Dynamo Dresden | 32 | 11 | 9 | 12 | 38:39 | -1 | 42 |
| 13 |
|
Eintracht Braunschweig | 32 | 11 | 7 | 14 | 35:36 | -1 | 40 |
| 14 |
|
Wuppertaler SV | 32 | 9 | 9 | 14 | 31:40 | -9 | 36 |
| 15 |
|
Jahn Regensburg | 32 | 8 | 11 | 13 | 29:44 | -15 | 35 |
| 16 |
|
VfR Aalen | 32 | 7 | 14 | 11 | 28:48 | -20 | 35 |
| 17 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 32 | 8 | 9 | 15 | 32:50 | -18 | 33 |
| 18 |
|
Wacker Burghausen | 32 | 8 | 8 | 16 | 33:52 | -19 | 32 |
| 19 |
|
Werder Bremen II | 32 | 7 | 9 | 16 | 39:51 | -12 | 30 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 32 | 5 | 10 | 17 | 32:60 | -28 | 22 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
