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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Union Berlin | 37 | 18 | 17 | 2 | 35:10 | 25 | 71 |
| 2 |
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Fortuna Düsseldorf | 37 | 19 | 10 | 8 | 33:17 | 16 | 67 |
| 3 |
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Bayern München II | 37 | 15 | 14 | 8 | 37:20 | 17 | 59 |
| 4 |
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SC Paderborn 07 | 37 | 14 | 15 | 8 | 34:22 | 12 | 57 |
| 5 |
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Dynamo Dresden | 37 | 13 | 14 | 10 | 25:19 | 6 | 53 |
| 6 |
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Kickers Offenbach | 37 | 12 | 16 | 9 | 26:20 | 6 | 52 |
| 7 |
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SV Sandhausen | 37 | 11 | 16 | 10 | 33:32 | 1 | 49 |
| 8 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 37 | 12 | 13 | 12 | 23:26 | -3 | 49 |
| 9 |
|
VfB Stuttgart II | 37 | 12 | 12 | 13 | 31:29 | 2 | 48 |
| 10 |
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Eintracht Braunschweig | 37 | 11 | 15 | 11 | 22:25 | -3 | 48 |
| 11 |
|
Erzgebirge Aue | 37 | 11 | 14 | 12 | 23:22 | 1 | 47 |
| 12 |
|
Jahn Regensburg | 37 | 11 | 14 | 12 | 24:30 | -6 | 47 |
| 13 |
|
SpVgg Unterhaching | 37 | 10 | 16 | 11 | 23:26 | -3 | 46 |
| 14 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 37 | 10 | 13 | 14 | 27:30 | -3 | 43 |
| 15 |
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Kickers Emden | 37 | 9 | 15 | 13 | 20:30 | -10 | 42 |
| 16 |
|
Wuppertaler SV | 37 | 7 | 20 | 10 | 16:23 | -7 | 41 |
| 17 |
|
Werder Bremen II | 37 | 8 | 14 | 15 | 25:32 | -7 | 38 |
| 18 |
|
Wacker Burghausen | 37 | 8 | 14 | 15 | 25:38 | -13 | 38 |
| 19 |
|
VfR Aalen | 37 | 7 | 16 | 14 | 21:32 | -11 | 37 |
| 20 |
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Stuttgarter Kickers | 37 | 7 | 12 | 18 | 21:41 | -20 | 33 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
