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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Union Berlin | 19 | 12 | 6 | 1 | 33:10 | 23 | 42 |
| 2 |
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SpVgg Unterhaching | 18 | 13 | 3 | 2 | 28:10 | 18 | 42 |
| 3 |
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Fortuna Düsseldorf | 18 | 10 | 6 | 2 | 27:15 | 12 | 36 |
| 4 |
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Bayern München II | 18 | 10 | 5 | 3 | 32:17 | 15 | 35 |
| 5 |
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Kickers Offenbach | 19 | 9 | 7 | 3 | 25:14 | 11 | 34 |
| 6 |
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SC Paderborn 07 | 19 | 9 | 6 | 4 | 29:12 | 17 | 33 |
| 7 |
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Rot-Weiß Erfurt | 18 | 9 | 5 | 4 | 28:20 | 8 | 32 |
| 8 |
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Kickers Emden | 18 | 9 | 5 | 4 | 26:19 | 7 | 32 |
| 9 |
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VfB Stuttgart II | 19 | 9 | 4 | 6 | 32:20 | 12 | 31 |
| 10 |
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SV Sandhausen | 18 | 8 | 6 | 4 | 30:18 | 12 | 30 |
| 11 |
|
Eintracht Braunschweig | 19 | 8 | 6 | 5 | 33:23 | 10 | 30 |
| 12 |
|
Werder Bremen II | 19 | 8 | 6 | 5 | 34:26 | 8 | 30 |
| 13 |
|
Dynamo Dresden | 19 | 8 | 6 | 5 | 26:22 | 4 | 30 |
| 14 |
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Wuppertaler SV | 19 | 8 | 4 | 7 | 24:23 | 1 | 28 |
| 15 |
|
VfR Aalen | 19 | 6 | 9 | 4 | 24:23 | 1 | 27 |
| 16 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 19 | 6 | 8 | 5 | 23:27 | -4 | 26 |
| 17 |
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Erzgebirge Aue | 18 | 7 | 4 | 7 | 19:17 | 2 | 25 |
| 18 |
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Jahn Regensburg | 18 | 7 | 4 | 7 | 18:23 | -5 | 25 |
| 19 |
|
Wacker Burghausen | 18 | 6 | 4 | 8 | 20:27 | -7 | 22 |
| 20 |
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Stuttgarter Kickers | 18 | 4 | 6 | 8 | 21:29 | -8 | 18 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
