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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Kickers Emden | 5 | 4 | 1 | 0 | 7:1 | 6 | 13 |
| 2 |
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Rot-Weiß Erfurt | 5 | 3 | 1 | 1 | 5:2 | 3 | 10 |
| 3 |
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SC Paderborn 07 | 5 | 3 | 1 | 1 | 4:3 | 1 | 10 |
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SV Sandhausen | 5 | 3 | 1 | 1 | 4:3 | 1 | 10 | |
| 5 |
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1. FC Union Berlin | 5 | 2 | 3 | 0 | 3:0 | 3 | 9 |
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Bayern München II | 5 | 2 | 3 | 0 | 3:0 | 3 | 9 | |
| 7 |
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VfB Stuttgart II | 5 | 2 | 2 | 1 | 2:2 | 0 | 8 |
| 8 |
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Kickers Offenbach | 5 | 2 | 1 | 2 | 3:2 | 1 | 7 |
| 9 |
|
Werder Bremen II | 5 | 1 | 3 | 1 | 4:3 | 1 | 6 |
| 10 |
|
Fortuna Düsseldorf | 5 | 1 | 3 | 1 | 3:2 | 1 | 6 |
|
SpVgg Unterhaching | 5 | 1 | 3 | 1 | 3:2 | 1 | 6 | |
| 12 |
|
Wuppertaler SV | 5 | 1 | 3 | 1 | 1:1 | 0 | 6 |
| 13 |
|
Wacker Burghausen | 5 | 2 | 0 | 3 | 4:6 | -2 | 6 |
| 14 |
|
Erzgebirge Aue | 5 | 1 | 2 | 2 | 3:3 | 0 | 5 |
| 15 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 5 | 1 | 2 | 2 | 2:5 | -3 | 5 |
| 16 |
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Dynamo Dresden | 5 | 1 | 1 | 3 | 1:3 | -2 | 4 |
|
Eintracht Braunschweig | 5 | 1 | 1 | 3 | 1:3 | -2 | 4 | |
| 18 |
|
Jahn Regensburg | 5 | 0 | 3 | 2 | 0:2 | -2 | 3 |
| 19 |
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VfR Aalen | 5 | 0 | 2 | 3 | 1:6 | -5 | 2 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 5 | 0 | 2 | 3 | 0:5 | -5 | 2 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
