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| Tabelle | Heim | » Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Preußen Münster | 9 | 5 | 2 | 2 | 14:7 | 7 | 17 |
| 2 |
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VfL Osnabrück | 9 | 5 | 2 | 2 | 13:8 | 5 | 17 |
| 3 |
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VfB Stuttgart II | 9 | 4 | 4 | 1 | 16:8 | 8 | 16 |
| 4 |
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SpVgg Unterhaching | 8 | 4 | 3 | 1 | 10:6 | 4 | 15 |
| 5 |
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Arminia Bielefeld | 8 | 4 | 2 | 2 | 14:12 | 2 | 14 |
| 6 |
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Karlsruher SC | 8 | 3 | 3 | 2 | 10:7 | 3 | 12 |
| 7 |
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1. FC Saarbrücken | 8 | 4 | 0 | 4 | 9:14 | -5 | 12 |
| 8 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 9 | 3 | 2 | 4 | 13:13 | 0 | 11 |
| 9 |
|
Hansa Rostock | 9 | 3 | 2 | 4 | 9:14 | -5 | 11 |
| 10 |
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Kickers Offenbach | 8 | 2 | 3 | 3 | 11:10 | 1 | 9 |
| 11 |
|
Chemnitzer FC | 9 | 2 | 3 | 4 | 8:10 | -2 | 9 |
| 12 |
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Alemannia Aachen | 8 | 2 | 3 | 3 | 7:9 | -2 | 9 |
| 13 |
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Wacker Burghausen | 8 | 3 | 0 | 5 | 10:14 | -4 | 9 |
| 14 |
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Hallescher FC | 9 | 2 | 3 | 4 | 6:10 | -4 | 9 |
| 15 |
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SV Wehen Wiesbaden | 9 | 0 | 8 | 1 | 12:13 | -1 | 8 |
| 16 |
|
Stuttgarter Kickers | 8 | 2 | 1 | 5 | 10:11 | -1 | 7 |
| 17 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 8 | 1 | 2 | 5 | 8:16 | -8 | 5 |
| 18 |
|
SV Babelsberg 03 | 9 | 1 | 2 | 6 | 7:18 | -11 | 5 |
| 19 |
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Borussia Dortmund II | 8 | 1 | 1 | 6 | 7:20 | -13 | 4 |
| 20 |
|
SV Darmstadt 98 | 9 | 0 | 3 | 6 | 6:16 | -10 | 3 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
