# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 2 2 0 0 3:0 3 6
2 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 2 2 0 0 2:0 2 6
3 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 2 1 1 0 3:0 3 4
4 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 2 1 1 0 2:0 2 4
5 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 2 1 1 0 2:1 1 4
6 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 2 1 1 0 1:0 1 4
  SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 2 1 1 0 1:0 1 4
8 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 2 1 0 1 2:2 0 3
  VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 2 1 0 1 2:2 0 3
10 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 2 1 0 1 1:1 0 3
11 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 2 1 0 1 1:2 -1 3
12 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 2 0 2 0 0:0 0 2
  Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 2 0 2 0 0:0 0 2
14 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 2 0 1 1 0:1 -1 1
  Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 2 0 1 1 0:1 -1 1
  Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 2 0 1 1 0:1 -1 1
  SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 2 0 1 1 0:1 -1 1
18 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 2 0 1 1 0:2 -2 1
19 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 2 0 0 2 1:3 -2 0
20 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 2 0 0 2 0:4 -4 0
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.