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| Tabelle | Heim | » Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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VfL Osnabrück | 12 | 7 | 3 | 2 | 20:10 | 10 | 24 |
| 2 |
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VfB Stuttgart II | 12 | 5 | 5 | 2 | 19:11 | 8 | 20 |
| 3 |
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SpVgg Unterhaching | 10 | 5 | 4 | 1 | 11:6 | 5 | 19 |
| 4 |
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Karlsruher SC | 10 | 5 | 3 | 2 | 15:7 | 8 | 18 |
| 5 |
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Preußen Münster | 11 | 5 | 3 | 3 | 16:10 | 6 | 18 |
| 6 |
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Arminia Bielefeld | 11 | 5 | 3 | 3 | 19:16 | 3 | 18 |
| 7 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 12 | 5 | 2 | 5 | 18:18 | 0 | 17 |
| 8 |
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SV Wehen Wiesbaden | 12 | 1 | 9 | 2 | 16:19 | -3 | 12 |
| 9 |
|
Hansa Rostock | 12 | 3 | 3 | 6 | 11:19 | -8 | 12 |
| 10 |
|
Hallescher FC | 12 | 3 | 3 | 6 | 8:17 | -9 | 12 |
| 11 |
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1. FC Saarbrücken | 10 | 4 | 0 | 6 | 9:20 | -11 | 12 |
| 12 |
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Stuttgarter Kickers | 10 | 3 | 1 | 6 | 12:13 | -1 | 10 |
| 13 |
|
Chemnitzer FC | 11 | 2 | 4 | 5 | 12:15 | -3 | 10 |
| 14 |
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Alemannia Aachen | 11 | 2 | 4 | 5 | 8:13 | -5 | 10 |
| 15 |
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Kickers Offenbach | 10 | 2 | 3 | 5 | 12:13 | -1 | 9 |
| 16 |
|
Wacker Burghausen | 11 | 3 | 0 | 8 | 11:21 | -10 | 9 |
| 17 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 10 | 2 | 2 | 6 | 10:18 | -8 | 8 |
| 18 |
|
Borussia Dortmund II | 10 | 2 | 1 | 7 | 10:24 | -14 | 7 |
| 19 |
|
SV Babelsberg 03 | 11 | 1 | 3 | 7 | 8:21 | -13 | 6 |
| 20 |
|
SV Darmstadt 98 | 12 | 0 | 5 | 7 | 9:22 | -13 | 5 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
