# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 1 1 0 0 4:1 3 3
2 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 1 1 0 0 2:1 1 3
3 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 1 1 0 0 1:0 1 3
  TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 1 1 0 0 1:0 1 3
5 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 1 0 1 0 3:3 0 1
  1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 1 0 1 0 3:3 0 1
7 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 1 0 1 0 2:2 0 1
  FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 1 0 1 0 2:2 0 1
  Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 1 0 1 0 2:2 0 1
  SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 1 0 1 0 2:2 0 1
11 FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 1 0 1 0 1:1 0 1
  SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 1 0 1 0 1:1 0 1
13 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 1 0 1 0 0:0 0 1
  FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 1 0 1 0 0:0 0 1
15 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 1 0 0 1 1:2 -1 0
16 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 1 0 0 1 0:1 -1 0
  Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 1 0 0 1 0:1 -1 0
18 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 1 0 0 1 1:4 -3 0
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.