# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 3 3 0 0 4:0 4 9
2 FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 3 2 1 0 4:0 4 7
3 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 3 2 1 0 3:0 3 7
  VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 3 2 1 0 3:0 3 7
5 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 3 2 1 0 2:0 2 7
6 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 3 1 2 0 2:1 1 5
7 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 3 1 1 1 1:1 0 4
8 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 3 0 3 0 3:3 0 3
9 TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 3 0 3 0 1:1 0 3
10 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 3 1 0 2 3:4 -1 3
11 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 3 1 0 2 2:3 -1 3
12 Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 3 1 0 2 2:5 -3 3
13 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 3 0 2 1 3:4 -1 2
14 FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 3 0 2 1 1:2 -1 2
15 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 3 0 2 1 2:4 -2 2
16 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 3 0 1 2 1:3 -2 1
17 FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 3 0 1 2 1:4 -3 1
  MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 3 0 1 2 1:4 -3 1
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.