# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 1 1 0 0 2:1 1 3
2 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 1 1 0 0 1:0 1 3
  TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 1 1 0 0 1:0 1 3
4 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 1 0 1 0 3:3 0 1
5 FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 1 0 1 0 2:2 0 1
  Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 1 0 1 0 2:2 0 1
7 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 1 0 1 0 1:1 0 1
8 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 1 0 1 0 0:0 0 1
9 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 0 0 0 0 0:0 0 0
  1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 0 0 0 0 0:0 0 0
  Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 0 0 0 0 0:0 0 0
  Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 0 0 0 0 0:0 0 0
  FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 0 0 0 0 0:0 0 0
  FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 0 0 0 0 0:0 0 0
  Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 0 0 0 0 0:0 0 0
  SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 0 0 0 0 0:0 0 0
  VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 0 0 0 0 0:0 0 0
18 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 1 0 0 1 1:4 -3 0
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.