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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Hertha BSC | 20 | 11 | 6 | 3 | 29:13 | 16 | 39 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 20 | 10 | 4 | 6 | 20:10 | 10 | 34 |
| 3 |
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MSV Duisburg | 20 | 8 | 6 | 6 | 15:16 | -1 | 30 |
| 4 |
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Erzgebirge Aue | 20 | 8 | 5 | 7 | 18:15 | 3 | 29 |
| 5 |
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VfR Aalen | 20 | 7 | 8 | 5 | 14:11 | 3 | 29 |
| 6 |
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FSV Frankfurt | 20 | 7 | 7 | 6 | 17:16 | 1 | 28 |
| 7 |
|
VfL Bochum | 20 | 8 | 4 | 8 | 17:18 | -1 | 28 |
| 8 |
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1. FC Kaiserslautern | 20 | 5 | 12 | 3 | 16:13 | 3 | 27 |
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FC Ingolstadt 04 | 20 | 7 | 6 | 7 | 16:13 | 3 | 27 | |
| 10 |
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FC St. Pauli | 20 | 6 | 9 | 5 | 14:12 | 2 | 27 |
| 11 |
|
Energie Cottbus | 20 | 6 | 9 | 5 | 13:14 | -1 | 27 |
| 12 |
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SC Paderborn 07 | 20 | 6 | 8 | 6 | 17:17 | 0 | 26 |
| 13 |
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TSV 1860 München | 20 | 5 | 11 | 4 | 12:12 | 0 | 26 |
| 14 |
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1. FC Köln | 20 | 5 | 10 | 5 | 14:13 | 1 | 25 |
| 15 |
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1. FC Union Berlin | 20 | 6 | 6 | 8 | 16:18 | -2 | 24 |
| 16 |
|
SV Sandhausen | 20 | 3 | 8 | 9 | 12:21 | -9 | 17 |
| 17 |
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Jahn Regensburg | 20 | 4 | 5 | 11 | 11:29 | -18 | 17 |
| 18 |
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Dynamo Dresden | 20 | 1 | 10 | 9 | 6:16 | -10 | 13 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
