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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Eintracht Braunschweig | 22 | 14 | 4 | 4 | 18:7 | 11 | 46 |
| 2 |
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1. FC Kaiserslautern | 22 | 10 | 9 | 3 | 16:8 | 8 | 39 |
| 3 |
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1. FC Union Berlin | 22 | 10 | 8 | 4 | 18:10 | 8 | 38 |
| 4 |
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Hertha BSC | 22 | 8 | 11 | 3 | 12:4 | 8 | 35 |
| 5 |
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Energie Cottbus | 22 | 10 | 4 | 8 | 13:10 | 3 | 34 |
| 6 |
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VfR Aalen | 22 | 7 | 10 | 5 | 9:7 | 2 | 31 |
| 7 |
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FSV Frankfurt | 22 | 8 | 7 | 7 | 11:10 | 1 | 31 |
| 8 |
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TSV 1860 München | 22 | 7 | 9 | 6 | 11:8 | 3 | 30 |
| 9 |
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1. FC Köln | 22 | 7 | 9 | 6 | 11:9 | 2 | 30 |
| 10 |
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Jahn Regensburg | 22 | 7 | 8 | 7 | 12:11 | 1 | 29 |
| 11 |
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SC Paderborn 07 | 22 | 6 | 11 | 5 | 10:9 | 1 | 29 |
| 12 |
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Dynamo Dresden | 22 | 7 | 7 | 8 | 14:15 | -1 | 28 |
| 13 |
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FC Ingolstadt 04 | 22 | 4 | 11 | 7 | 8:9 | -1 | 23 |
| 14 |
|
VfL Bochum | 22 | 5 | 7 | 10 | 10:17 | -7 | 22 |
| 15 |
|
Erzgebirge Aue | 22 | 4 | 9 | 9 | 10:17 | -7 | 21 |
| 16 |
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SV Sandhausen | 22 | 4 | 7 | 11 | 12:22 | -10 | 19 |
| 17 |
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FC St. Pauli | 22 | 2 | 11 | 9 | 4:14 | -10 | 17 |
| 18 |
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MSV Duisburg | 22 | 2 | 10 | 10 | 6:18 | -12 | 16 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
