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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Hertha BSC | 23 | 14 | 6 | 3 | 33:14 | 19 | 48 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 23 | 11 | 5 | 7 | 22:12 | 10 | 38 |
| 3 |
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SC Paderborn 07 | 23 | 8 | 9 | 6 | 22:18 | 4 | 33 |
| 4 |
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TSV 1860 München | 23 | 7 | 12 | 4 | 15:13 | 2 | 33 |
| 5 |
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FC St. Pauli | 23 | 7 | 11 | 5 | 17:13 | 4 | 32 |
| 6 |
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VfR Aalen | 23 | 8 | 8 | 7 | 15:13 | 2 | 32 |
| 7 |
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FSV Frankfurt | 23 | 8 | 8 | 7 | 19:18 | 1 | 32 |
| 8 |
|
Energie Cottbus | 23 | 7 | 11 | 5 | 14:14 | 0 | 32 |
| 9 |
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VfL Bochum | 23 | 9 | 5 | 9 | 19:21 | -2 | 32 |
| 10 |
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1. FC Kaiserslautern | 23 | 6 | 13 | 4 | 17:14 | 3 | 31 |
| 11 |
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MSV Duisburg | 23 | 8 | 7 | 8 | 16:19 | -3 | 31 |
| 12 |
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1. FC Köln | 23 | 6 | 12 | 5 | 15:13 | 2 | 30 |
| 13 |
|
Erzgebirge Aue | 23 | 8 | 6 | 9 | 18:18 | 0 | 30 |
| 14 |
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FC Ingolstadt 04 | 23 | 7 | 7 | 9 | 18:17 | 1 | 28 |
| 15 |
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1. FC Union Berlin | 23 | 6 | 7 | 10 | 18:22 | -4 | 25 |
| 16 |
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Jahn Regensburg | 23 | 5 | 6 | 12 | 13:30 | -17 | 21 |
| 17 |
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Dynamo Dresden | 23 | 3 | 10 | 10 | 9:18 | -9 | 19 |
| 18 |
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SV Sandhausen | 23 | 3 | 9 | 11 | 14:27 | -13 | 18 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
