# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 13 9 0 4 31:19 12 27
2 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 13 7 4 2 18:9 9 25
3 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 14 6 4 4 14:13 1 22
4 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 13 6 1 6 16:10 6 19
5 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 14 3 8 3 15:14 1 17
6 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 14 4 4 6 14:16 -2 16
7 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 14 3 6 5 18:20 -2 15
8 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 13 3 5 5 17:23 -6 14
9 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 14 2 7 5 14:21 -7 13
10 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 13 3 3 7 21:23 -2 12
11 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 13 2 6 5 10:14 -4 12
12 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 13 3 3 7 15:28 -13 12
13 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 12 3 2 7 9:17 -8 11
14 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 12 3 2 7 12:21 -9 11
15 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 13 2 5 6 13:24 -11 11
16 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 13 2 4 7 7:16 -9 10
17 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 12 2 3 7 8:15 -7 9
18 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 12 1 6 5 7:21 -14 9
19 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 13 1 4 8 13:28 -15 7
20 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 12 1 2 9 9:22 -13 5
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.