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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Fortuna Düsseldorf | 26 | 14 | 7 | 5 | 24:11 | 13 | 49 |
| 2 |
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1. FC Union Berlin | 26 | 12 | 12 | 2 | 25:9 | 16 | 48 |
| 3 |
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Kickers Offenbach | 26 | 11 | 11 | 4 | 23:11 | 12 | 44 |
| 4 |
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SC Paderborn 07 | 26 | 12 | 7 | 7 | 27:17 | 10 | 43 |
| 5 |
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Bayern München II | 26 | 10 | 9 | 7 | 23:14 | 9 | 39 |
| 6 |
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Rot-Weiß Erfurt | 26 | 10 | 7 | 9 | 18:17 | 1 | 37 |
| 7 |
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Erzgebirge Aue | 26 | 9 | 9 | 8 | 19:16 | 3 | 36 |
| 8 |
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SV Sandhausen | 26 | 9 | 9 | 8 | 24:24 | 0 | 36 |
| 9 |
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Kickers Emden | 26 | 8 | 11 | 7 | 18:20 | -2 | 35 |
| 10 |
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VfB Stuttgart II | 26 | 9 | 7 | 10 | 22:21 | 1 | 34 |
| 11 |
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Jahn Regensburg | 26 | 8 | 9 | 9 | 19:23 | -4 | 33 |
| 12 |
|
Dynamo Dresden | 26 | 7 | 11 | 8 | 13:14 | -1 | 32 |
| 13 |
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Eintracht Braunschweig | 26 | 6 | 12 | 8 | 12:16 | -4 | 30 |
| 14 |
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VfR Aalen | 26 | 5 | 14 | 7 | 13:16 | -3 | 29 |
| 15 |
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SpVgg Unterhaching | 26 | 6 | 11 | 9 | 15:21 | -6 | 29 |
| 16 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 26 | 6 | 10 | 10 | 18:23 | -5 | 28 |
| 17 |
|
Wacker Burghausen | 26 | 5 | 12 | 9 | 18:26 | -8 | 27 |
| 18 |
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Wuppertaler SV | 26 | 5 | 12 | 9 | 13:21 | -8 | 27 |
| 19 |
|
Werder Bremen II | 26 | 5 | 9 | 12 | 17:25 | -8 | 24 |
| 20 |
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Stuttgarter Kickers | 26 | 4 | 9 | 13 | 15:31 | -16 | 21 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
