# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 2 2 0 0 6:0 6 6
2 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 2 1 1 0 2:1 1 4
3 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 2 1 0 1 2:1 1 3
  Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 1 1 0 0 2:1 1 3
5 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 2 1 0 1 1:1 0 3
6 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 2 1 0 1 4:5 -1 3
7 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 1 0 1 0 2:2 0 1
8 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 1 0 1 0 1:1 0 1
  Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 1 0 1 0 1:1 0 1
  Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 1 0 1 0 1:1 0 1
  SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 1 0 1 0 1:1 0 1
12 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 2 0 1 1 3:4 -1 1
13 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 2 0 1 1 2:3 -1 1
14 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 1 0 0 1 3:4 -1 0
15 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 1 0 0 1 2:3 -1 0
16 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 1 0 0 1 1:3 -2 0
17 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 1 0 0 1 0:2 -2 0
18 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 2 0 0 2 0:3 -3 0
19 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 2 0 0 2 0:4 -4 0
  Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 2 0 0 2 0:4 -4 0
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.