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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SpVgg Unterhaching | 2 | 2 | 0 | 0 | 5:0 | 5 | 6 |
| 2 |
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Bayern München II | 2 | 2 | 0 | 0 | 3:1 | 2 | 6 |
| 3 |
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Kickers Emden | 2 | 2 | 0 | 0 | 2:0 | 2 | 6 |
| 4 |
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Kickers Offenbach | 2 | 1 | 1 | 0 | 3:1 | 2 | 4 |
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VfB Stuttgart II | 2 | 1 | 1 | 0 | 3:1 | 2 | 4 | |
| 6 |
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Jahn Regensburg | 2 | 1 | 1 | 0 | 3:2 | 1 | 4 |
| 7 |
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SV Sandhausen | 2 | 1 | 0 | 1 | 5:2 | 3 | 3 |
| 8 |
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1. FC Union Berlin | 1 | 1 | 0 | 0 | 3:1 | 2 | 3 |
| 9 |
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Werder Bremen II | 1 | 1 | 0 | 0 | 4:3 | 1 | 3 |
| 10 |
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FC Carl Zeiss Jena | 1 | 1 | 0 | 0 | 3:2 | 1 | 3 |
| 11 |
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Rot-Weiß Erfurt | 2 | 1 | 0 | 1 | 2:2 | 0 | 3 |
| 12 |
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Wacker Burghausen | 2 | 1 | 0 | 1 | 2:4 | -2 | 3 |
| 13 |
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Wuppertaler SV | 1 | 0 | 1 | 0 | 2:2 | 0 | 1 |
| 14 |
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Eintracht Braunschweig | 1 | 0 | 1 | 0 | 1:1 | 0 | 1 |
|
SC Paderborn 07 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1:1 | 0 | 1 | |
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VfR Aalen | 1 | 0 | 1 | 0 | 1:1 | 0 | 1 | |
| 17 |
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Erzgebirge Aue | 2 | 0 | 1 | 1 | 0:2 | -2 | 1 |
| 18 |
|
Dynamo Dresden | 1 | 0 | 0 | 1 | 1:2 | -1 | 0 |
| 19 |
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Stuttgarter Kickers | 1 | 0 | 0 | 1 | 0:2 | -2 | 0 |
| 20 |
|
Fortuna Düsseldorf | 1 | 0 | 0 | 1 | 1:4 | -3 | 0 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
