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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Jahn Regensburg | 3 | 2 | 1 | 0 | 4:2 | 2 | 7 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 3 | 2 | 1 | 0 | 2:0 | 2 | 7 |
| 3 |
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SV Sandhausen | 3 | 2 | 0 | 1 | 5:3 | 2 | 6 |
| 4 |
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Fortuna Düsseldorf | 3 | 2 | 0 | 1 | 4:2 | 2 | 6 |
| 5 |
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SpVgg Unterhaching | 3 | 1 | 2 | 0 | 4:1 | 3 | 5 |
| 6 |
|
VfR Aalen | 3 | 1 | 2 | 0 | 3:1 | 2 | 5 |
| 7 |
|
Bayern München II | 3 | 1 | 2 | 0 | 4:3 | 1 | 5 |
| 8 |
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Kickers Offenbach | 3 | 1 | 2 | 0 | 2:1 | 1 | 5 |
| 9 |
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VfB Stuttgart II | 3 | 1 | 1 | 1 | 3:2 | 1 | 4 |
| 10 |
|
SC Paderborn 07 | 3 | 1 | 1 | 1 | 3:3 | 0 | 4 |
| 11 |
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Rot-Weiß Erfurt | 3 | 1 | 1 | 1 | 1:1 | 0 | 4 |
| 12 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 3 | 1 | 0 | 2 | 4:3 | 1 | 3 |
| 13 |
|
Dynamo Dresden | 3 | 0 | 3 | 0 | 1:1 | 0 | 3 |
|
Kickers Emden | 3 | 0 | 3 | 0 | 1:1 | 0 | 3 | |
| 15 |
|
1. FC Union Berlin | 3 | 0 | 2 | 1 | 3:4 | -1 | 2 |
| 16 |
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Wuppertaler SV | 3 | 0 | 2 | 1 | 2:4 | -2 | 2 |
| 17 |
|
Stuttgarter Kickers | 3 | 0 | 2 | 1 | 0:2 | -2 | 2 |
|
Wacker Burghausen | 3 | 0 | 2 | 1 | 0:2 | -2 | 2 | |
| 19 |
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Erzgebirge Aue | 3 | 0 | 1 | 2 | 0:4 | -4 | 1 |
| 20 |
|
Werder Bremen II | 3 | 0 | 0 | 3 | 1:7 | -6 | 0 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
