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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Union Berlin | 30 | 14 | 14 | 2 | 28:9 | 19 | 56 |
| 2 |
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Fortuna Düsseldorf | 30 | 16 | 8 | 6 | 26:12 | 14 | 56 |
| 3 |
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Kickers Offenbach | 30 | 12 | 13 | 5 | 26:14 | 12 | 49 |
| 4 |
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SC Paderborn 07 | 30 | 12 | 11 | 7 | 28:18 | 10 | 47 |
| 5 |
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Bayern München II | 30 | 10 | 12 | 8 | 24:16 | 8 | 42 |
| 6 |
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Erzgebirge Aue | 30 | 10 | 12 | 8 | 21:16 | 5 | 42 |
| 7 |
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VfB Stuttgart II | 30 | 11 | 9 | 10 | 25:22 | 3 | 42 |
| 8 |
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SV Sandhausen | 30 | 10 | 12 | 8 | 27:26 | 1 | 42 |
| 9 |
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Dynamo Dresden | 30 | 10 | 11 | 9 | 18:15 | 3 | 41 |
| 10 |
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Rot-Weiß Erfurt | 30 | 10 | 9 | 11 | 19:21 | -2 | 39 |
| 11 |
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Jahn Regensburg | 30 | 9 | 12 | 9 | 21:24 | -3 | 39 |
| 12 |
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SpVgg Unterhaching | 30 | 8 | 13 | 9 | 19:22 | -3 | 37 |
| 13 |
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Kickers Emden | 30 | 8 | 11 | 11 | 18:24 | -6 | 35 |
| 14 |
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Eintracht Braunschweig | 30 | 7 | 13 | 10 | 13:19 | -6 | 34 |
| 15 |
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VfR Aalen | 30 | 6 | 15 | 9 | 15:20 | -5 | 33 |
| 16 |
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Wuppertaler SV | 30 | 6 | 15 | 9 | 15:22 | -7 | 33 |
| 17 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 30 | 7 | 11 | 12 | 20:26 | -6 | 32 |
| 18 |
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Werder Bremen II | 30 | 6 | 12 | 12 | 20:27 | -7 | 30 |
| 19 |
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Wacker Burghausen | 30 | 5 | 13 | 12 | 18:31 | -13 | 28 |
| 20 |
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Stuttgarter Kickers | 30 | 5 | 10 | 15 | 16:33 | -17 | 25 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
