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| Tabelle | Heim | » Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Union Berlin | 18 | 10 | 6 | 2 | 24:10 | 14 | 36 |
| 2 |
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SC Paderborn 07 | 18 | 10 | 2 | 6 | 36:26 | 10 | 32 |
| 3 |
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Fortuna Düsseldorf | 18 | 8 | 3 | 7 | 24:17 | 7 | 27 |
| 4 |
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Kickers Emden | 18 | 6 | 5 | 7 | 16:23 | -7 | 23 |
| 5 |
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Bayern München II | 18 | 4 | 10 | 4 | 19:18 | 1 | 22 |
| 6 |
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Erzgebirge Aue | 18 | 5 | 7 | 6 | 23:24 | -1 | 22 |
| 7 |
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SpVgg Unterhaching | 18 | 6 | 4 | 8 | 24:31 | -7 | 22 |
| 8 |
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Dynamo Dresden | 18 | 5 | 4 | 9 | 19:23 | -4 | 19 |
| 9 |
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VfB Stuttgart II | 18 | 4 | 6 | 8 | 28:28 | 0 | 18 |
| 10 |
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SV Sandhausen | 18 | 4 | 6 | 8 | 23:29 | -6 | 18 |
| 11 |
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Kickers Offenbach | 18 | 3 | 8 | 7 | 14:20 | -6 | 17 |
| 12 |
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Jahn Regensburg | 18 | 3 | 8 | 7 | 16:25 | -9 | 17 |
| 13 |
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Rot-Weiß Erfurt | 18 | 4 | 4 | 10 | 15:25 | -10 | 16 |
| 14 |
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Wuppertaler SV | 18 | 3 | 7 | 8 | 10:20 | -10 | 16 |
| 15 |
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Wacker Burghausen | 18 | 3 | 6 | 9 | 18:31 | -13 | 15 |
| 16 |
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Eintracht Braunschweig | 18 | 4 | 3 | 11 | 13:26 | -13 | 15 |
| 17 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 18 | 4 | 2 | 12 | 16:30 | -14 | 14 |
| 18 |
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Stuttgarter Kickers | 18 | 3 | 5 | 10 | 17:37 | -20 | 14 |
| 19 |
|
VfR Aalen | 18 | 2 | 6 | 10 | 13:35 | -22 | 12 |
| 20 |
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Werder Bremen II | 18 | 2 | 4 | 12 | 15:31 | -16 | 10 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
