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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Union Berlin | 36 | 18 | 16 | 2 | 35:10 | 25 | 70 |
| 2 |
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Fortuna Düsseldorf | 36 | 18 | 10 | 8 | 32:17 | 15 | 64 |
| 3 |
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Bayern München II | 36 | 15 | 13 | 8 | 36:19 | 17 | 58 |
| 4 |
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SC Paderborn 07 | 36 | 13 | 15 | 8 | 32:22 | 10 | 54 |
| 5 |
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Kickers Offenbach | 36 | 12 | 15 | 9 | 26:20 | 6 | 51 |
| 6 |
|
Dynamo Dresden | 36 | 12 | 14 | 10 | 22:18 | 4 | 50 |
| 7 |
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SV Sandhausen | 36 | 11 | 16 | 9 | 32:30 | 2 | 49 |
| 8 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 36 | 12 | 12 | 12 | 23:26 | -3 | 48 |
| 9 |
|
VfB Stuttgart II | 36 | 12 | 11 | 13 | 30:28 | 2 | 47 |
| 10 |
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Jahn Regensburg | 36 | 11 | 14 | 11 | 23:27 | -4 | 47 |
| 11 |
|
Erzgebirge Aue | 36 | 11 | 13 | 12 | 23:22 | 1 | 46 |
| 12 |
|
SpVgg Unterhaching | 36 | 10 | 15 | 11 | 22:25 | -3 | 45 |
| 13 |
|
Eintracht Braunschweig | 36 | 10 | 15 | 11 | 20:24 | -4 | 45 |
| 14 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 36 | 10 | 12 | 14 | 26:29 | -3 | 42 |
| 15 |
|
Kickers Emden | 36 | 9 | 14 | 13 | 20:30 | -10 | 41 |
| 16 |
|
Wuppertaler SV | 36 | 7 | 19 | 10 | 16:23 | -7 | 40 |
| 17 |
|
Wacker Burghausen | 36 | 8 | 14 | 14 | 25:36 | -11 | 38 |
| 18 |
|
VfR Aalen | 36 | 7 | 16 | 13 | 21:31 | -10 | 37 |
| 19 |
|
Werder Bremen II | 36 | 7 | 14 | 15 | 23:32 | -9 | 35 |
| 20 |
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Stuttgarter Kickers | 36 | 7 | 12 | 17 | 21:39 | -18 | 33 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
