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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SpVgg Unterhaching | 36 | 16 | 13 | 7 | 30:16 | 14 | 61 |
| 2 |
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1. FC Union Berlin | 36 | 13 | 19 | 4 | 21:9 | 12 | 58 |
| 3 |
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Kickers Emden | 36 | 14 | 15 | 7 | 22:12 | 10 | 57 |
| 4 |
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SC Paderborn 07 | 36 | 14 | 14 | 8 | 27:16 | 11 | 56 |
| 5 |
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VfB Stuttgart II | 36 | 14 | 11 | 11 | 28:18 | 10 | 53 |
| 6 |
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SV Sandhausen | 36 | 12 | 16 | 8 | 21:17 | 4 | 52 |
| 7 |
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Fortuna Düsseldorf | 36 | 11 | 17 | 8 | 19:15 | 4 | 50 |
| 8 |
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Eintracht Braunschweig | 36 | 12 | 13 | 11 | 23:22 | 1 | 49 |
| 9 |
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Werder Bremen II | 36 | 10 | 19 | 7 | 24:25 | -1 | 49 |
| 10 |
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Bayern München II | 36 | 9 | 20 | 7 | 15:16 | -1 | 47 |
| 11 |
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Rot-Weiß Erfurt | 36 | 9 | 17 | 10 | 20:19 | 1 | 44 |
| 12 |
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Erzgebirge Aue | 36 | 9 | 17 | 10 | 19:19 | 0 | 44 |
| 13 |
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Kickers Offenbach | 36 | 9 | 17 | 10 | 13:14 | -1 | 44 |
| 14 |
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Wuppertaler SV | 36 | 8 | 16 | 12 | 17:20 | -3 | 40 |
| 15 |
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VfR Aalen | 36 | 6 | 19 | 11 | 15:25 | -10 | 37 |
| 16 |
|
Dynamo Dresden | 36 | 5 | 21 | 10 | 20:26 | -6 | 36 |
| 17 |
|
Jahn Regensburg | 36 | 6 | 17 | 13 | 11:21 | -10 | 35 |
| 18 |
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FC Carl Zeiss Jena | 36 | 6 | 16 | 14 | 9:25 | -16 | 34 |
| 19 |
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Wacker Burghausen | 36 | 5 | 18 | 13 | 13:22 | -9 | 33 |
| 20 |
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Stuttgarter Kickers | 36 | 3 | 23 | 10 | 17:27 | -10 | 32 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
