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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Arminia Bielefeld | 28 | 15 | 7 | 6 | 23:13 | 10 | 52 |
| 2 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 28 | 15 | 5 | 8 | 26:16 | 10 | 50 |
| 3 |
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Karlsruher SC | 28 | 11 | 15 | 2 | 17:7 | 10 | 48 |
| 4 |
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Preußen Münster | 28 | 12 | 9 | 7 | 19:14 | 5 | 45 |
| 5 |
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SV Wehen Wiesbaden | 28 | 8 | 14 | 6 | 18:12 | 6 | 38 |
| 6 |
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VfL Osnabrück | 28 | 8 | 13 | 7 | 15:15 | 0 | 37 |
| 7 |
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SV Darmstadt 98 | 28 | 8 | 13 | 7 | 10:11 | -1 | 37 |
| 8 |
|
Chemnitzer FC | 28 | 7 | 15 | 6 | 17:14 | 3 | 36 |
| 9 |
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Hansa Rostock | 28 | 8 | 12 | 8 | 17:15 | 2 | 36 |
| 10 |
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SV Babelsberg 03 | 28 | 9 | 8 | 11 | 15:20 | -5 | 35 |
| 11 |
|
VfB Stuttgart II | 28 | 6 | 16 | 6 | 12:13 | -1 | 34 |
| 12 |
|
Wacker Burghausen | 28 | 8 | 10 | 10 | 14:17 | -3 | 34 |
| 13 |
|
SpVgg Unterhaching | 28 | 7 | 13 | 8 | 13:16 | -3 | 34 |
| 14 |
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Rot-Weiß Erfurt | 28 | 7 | 12 | 9 | 18:19 | -1 | 33 |
| 15 |
|
Borussia Dortmund II | 28 | 7 | 11 | 10 | 14:18 | -4 | 32 |
| 16 |
|
1. FC Saarbrücken | 28 | 8 | 8 | 12 | 18:24 | -6 | 32 |
| 17 |
|
Kickers Offenbach | 28 | 7 | 10 | 11 | 15:18 | -3 | 31 |
| 18 |
|
Stuttgarter Kickers | 28 | 6 | 11 | 11 | 14:16 | -2 | 29 |
| 19 |
|
Hallescher FC | 28 | 3 | 17 | 8 | 7:14 | -7 | 26 |
| 20 |
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Alemannia Aachen | 28 | 3 | 15 | 10 | 6:16 | -10 | 24 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
