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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Arminia Bielefeld | 37 | 18 | 12 | 7 | 27:15 | 12 | 66 |
| 2 |
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Karlsruher SC | 37 | 16 | 16 | 5 | 25:11 | 14 | 64 |
| 3 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 37 | 17 | 11 | 9 | 32:21 | 11 | 62 |
| 4 |
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Preußen Münster | 37 | 15 | 13 | 9 | 23:17 | 6 | 58 |
| 5 |
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SV Wehen Wiesbaden | 37 | 13 | 18 | 6 | 28:17 | 11 | 57 |
| 6 |
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SV Darmstadt 98 | 37 | 10 | 20 | 7 | 14:13 | 1 | 50 |
| 7 |
|
Hansa Rostock | 37 | 11 | 16 | 10 | 22:20 | 2 | 49 |
| 8 |
|
VfL Osnabrück | 37 | 10 | 19 | 8 | 21:20 | 1 | 49 |
| 9 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 37 | 9 | 18 | 10 | 23:23 | 0 | 45 |
| 10 |
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Wacker Burghausen | 37 | 10 | 15 | 12 | 20:22 | -2 | 45 |
| 11 |
|
Chemnitzer FC | 37 | 8 | 19 | 10 | 19:20 | -1 | 43 |
| 12 |
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1. FC Saarbrücken | 37 | 10 | 13 | 14 | 22:28 | -6 | 43 |
| 13 |
|
Borussia Dortmund II | 37 | 8 | 18 | 11 | 20:23 | -3 | 42 |
| 14 |
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Kickers Offenbach | 37 | 9 | 15 | 13 | 17:20 | -3 | 42 |
| 15 |
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SV Babelsberg 03 | 37 | 10 | 12 | 15 | 18:26 | -8 | 42 |
| 16 |
|
SpVgg Unterhaching | 37 | 9 | 15 | 13 | 16:24 | -8 | 42 |
| 17 |
|
Stuttgarter Kickers | 37 | 8 | 15 | 14 | 17:21 | -4 | 39 |
| 18 |
|
VfB Stuttgart II | 37 | 6 | 20 | 11 | 12:18 | -6 | 38 |
| 19 |
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Hallescher FC | 37 | 5 | 22 | 10 | 13:19 | -6 | 37 |
| 20 |
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Alemannia Aachen | 37 | 6 | 17 | 14 | 11:22 | -11 | 35 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
