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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Arminia Bielefeld | 19 | 13 | 5 | 1 | 33:11 | 22 | 44 |
| 2 |
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Karlsruher SC | 19 | 12 | 6 | 1 | 37:11 | 26 | 42 |
| 3 |
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VfL Osnabrück | 18 | 12 | 4 | 2 | 32:14 | 18 | 40 |
| 4 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 18 | 12 | 4 | 2 | 38:21 | 17 | 40 |
| 5 |
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Preußen Münster | 18 | 11 | 6 | 1 | 36:14 | 22 | 39 |
| 6 |
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Chemnitzer FC | 18 | 11 | 2 | 5 | 29:19 | 10 | 35 |
| 7 |
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SV Wehen Wiesbaden | 18 | 9 | 6 | 3 | 27:19 | 8 | 33 |
| 8 |
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Wacker Burghausen | 18 | 9 | 5 | 4 | 27:19 | 8 | 32 |
| 9 |
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SpVgg Unterhaching | 19 | 9 | 4 | 6 | 33:29 | 4 | 31 |
| 10 |
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SV Babelsberg 03 | 19 | 7 | 7 | 5 | 18:19 | -1 | 28 |
| 11 |
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Kickers Offenbach | 19 | 8 | 3 | 8 | 23:22 | 1 | 27 |
| 12 |
|
Hansa Rostock | 18 | 7 | 5 | 6 | 17:18 | -1 | 26 |
| 13 |
|
1. FC Saarbrücken | 19 | 6 | 7 | 6 | 33:26 | 7 | 25 |
| 14 |
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Hallescher FC | 18 | 6 | 6 | 6 | 19:19 | 0 | 24 |
| 15 |
|
Borussia Dortmund II | 19 | 5 | 9 | 5 | 19:22 | -3 | 24 |
| 16 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 19 | 6 | 6 | 7 | 26:31 | -5 | 24 |
| 17 |
|
Stuttgarter Kickers | 19 | 5 | 6 | 8 | 18:19 | -1 | 21 |
| 18 |
|
SV Darmstadt 98 | 18 | 5 | 6 | 7 | 14:17 | -3 | 21 |
| 19 |
|
VfB Stuttgart II | 18 | 6 | 3 | 9 | 14:19 | -5 | 21 |
| 20 |
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Alemannia Aachen | 19 | 5 | 4 | 10 | 27:38 | -11 | 19 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
