# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 5 3 2 0 8:2 6 11
2 FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 5 3 2 0 8:3 5 11
3 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 5 3 2 0 11:7 4 11
4 Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 6 2 3 1 9:8 1 9
5 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 6 3 0 3 6:6 0 9
6 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 6 2 2 2 7:7 0 8
7 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 5 2 2 1 6:6 0 8
8 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 5 2 0 3 6:8 -2 6
9 TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 6 1 3 2 4:6 -2 6
10 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 6 2 0 4 4:10 -6 6
11 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 6 1 2 3 8:9 -1 5
12 FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 6 1 2 3 6:9 -3 5
13 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 5 1 1 3 2:13 -11 4
14 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 5 0 3 2 7:10 -3 3
15 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 6 1 0 5 5:11 -6 3
16 FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 6 0 3 3 2:8 -6 3
17 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 5 0 1 4 2:10 -8 1
18 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 5 0 1 4 3:13 -10 1
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.