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| Tabelle | Heim | » Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Hertha BSC | 8 | 4 | 3 | 1 | 19:9 | 10 | 15 |
| 2 |
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1. FC Kaiserslautern | 7 | 4 | 3 | 0 | 13:8 | 5 | 15 |
| 3 |
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SC Paderborn 07 | 8 | 4 | 2 | 2 | 10:7 | 3 | 14 |
| 4 |
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VfR Aalen | 8 | 4 | 1 | 3 | 9:7 | 2 | 13 |
| 5 |
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Eintracht Braunschweig | 7 | 3 | 3 | 1 | 10:6 | 4 | 12 |
| 6 |
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FC Ingolstadt 04 | 7 | 3 | 3 | 1 | 8:6 | 2 | 12 |
| 7 |
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TSV 1860 München | 8 | 2 | 4 | 2 | 7:8 | -1 | 10 |
| 8 |
|
Energie Cottbus | 7 | 2 | 3 | 2 | 8:9 | -1 | 9 |
| 9 |
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1. FC Köln | 7 | 3 | 0 | 4 | 8:10 | -2 | 9 |
| 10 |
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FSV Frankfurt | 8 | 2 | 2 | 4 | 9:12 | -3 | 8 |
| 11 |
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1. FC Union Berlin | 7 | 1 | 4 | 2 | 12:13 | -1 | 7 |
| 12 |
|
MSV Duisburg | 8 | 2 | 1 | 5 | 5:14 | -9 | 7 |
| 13 |
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Dynamo Dresden | 8 | 1 | 3 | 4 | 10:13 | -3 | 6 |
| 14 |
|
FC St. Pauli | 8 | 1 | 3 | 4 | 4:9 | -5 | 6 |
| 15 |
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VfL Bochum | 7 | 1 | 2 | 4 | 4:17 | -13 | 5 |
| 16 |
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Jahn Regensburg | 7 | 1 | 0 | 6 | 7:15 | -8 | 3 |
| 17 |
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SV Sandhausen | 8 | 0 | 2 | 6 | 7:21 | -14 | 2 |
| 18 |
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Erzgebirge Aue | 7 | 0 | 1 | 6 | 4:16 | -12 | 1 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
