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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Preußen Münster | 29 | 16 | 12 | 1 | 29:7 | 22 | 60 |
| 2 |
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VfL Osnabrück | 29 | 17 | 8 | 4 | 32:9 | 23 | 59 |
| 3 |
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Arminia Bielefeld | 29 | 14 | 10 | 5 | 25:13 | 12 | 52 |
| 4 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 29 | 13 | 9 | 7 | 29:23 | 6 | 48 |
| 5 |
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Karlsruher SC | 29 | 11 | 14 | 4 | 32:10 | 22 | 47 |
| 6 |
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Wacker Burghausen | 29 | 12 | 9 | 8 | 20:18 | 2 | 45 |
| 7 |
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SpVgg Unterhaching | 29 | 12 | 8 | 9 | 27:22 | 5 | 44 |
| 8 |
|
Chemnitzer FC | 29 | 8 | 15 | 6 | 22:21 | 1 | 39 |
| 9 |
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Kickers Offenbach | 29 | 8 | 13 | 8 | 20:19 | 1 | 37 |
| 10 |
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Hallescher FC | 29 | 9 | 9 | 11 | 20:23 | -3 | 36 |
| 11 |
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VfB Stuttgart II | 29 | 9 | 8 | 12 | 17:18 | -1 | 35 |
| 12 |
|
1. FC Saarbrücken | 29 | 8 | 10 | 11 | 20:25 | -5 | 34 |
| 13 |
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Alemannia Aachen | 29 | 8 | 10 | 11 | 21:27 | -6 | 34 |
| 14 |
|
Stuttgarter Kickers | 29 | 7 | 11 | 11 | 15:20 | -5 | 32 |
| 15 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 29 | 8 | 6 | 15 | 18:31 | -13 | 30 |
| 16 |
|
SV Babelsberg 03 | 29 | 4 | 16 | 9 | 8:16 | -8 | 28 |
| 17 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 29 | 5 | 13 | 11 | 15:24 | -9 | 28 |
| 18 |
|
Hansa Rostock | 29 | 5 | 13 | 11 | 9:22 | -13 | 28 |
| 19 |
|
Borussia Dortmund II | 29 | 5 | 10 | 14 | 15:30 | -15 | 25 |
| 20 |
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SV Darmstadt 98 | 29 | 4 | 10 | 15 | 12:28 | -16 | 22 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
