# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 15 9 4 2 25:10 15 31
2 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 16 8 3 5 24:16 8 27
3 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 15 7 5 3 23:17 6 26
4 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 15 7 4 4 21:14 7 25
5 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 15 7 2 6 25:22 3 23
6 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 16 5 7 4 19:15 4 22
7 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 14 5 5 4 13:13 0 20
8 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 16 5 3 8 13:23 -10 18
9 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 15 5 1 9 12:27 -15 16
10 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 15 3 5 7 16:18 -2 14
11 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 15 1 11 3 18:22 -4 14
12 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 15 2 7 6 15:20 -5 13
13 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 15 3 4 8 17:31 -14 13
14 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 15 3 3 9 14:26 -12 12
15 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 14 3 2 9 14:23 -9 11
16 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 14 3 2 9 14:25 -11 11
17 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 15 2 5 8 11:22 -11 11
18 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 15 3 2 10 13:25 -12 11
19 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 15 1 6 8 11:25 -14 9
20 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 15 2 3 10 10:25 -15 9
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.