# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 30 17 12 1 32:8 24 63
2 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 30 17 8 5 32:10 22 59
3 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 30 15 10 5 26:13 13 55
4 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 30 14 9 7 30:23 7 51
5 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 30 11 15 4 32:10 22 48
6 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 30 12 9 9 27:22 5 45
7 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 30 12 9 9 20:19 1 45
8 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 30 9 13 8 21:19 2 40
9 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 30 8 15 7 22:22 0 39
10 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 30 9 9 12 17:18 -1 36
11 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 30 9 9 12 20:24 -4 36
12 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 30 8 11 11 20:25 -5 35
13 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 30 8 10 12 22:30 -8 34
14 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 30 7 11 12 15:21 -6 32
15 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 30 6 13 11 16:24 -8 31
16 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 30 8 7 15 18:31 -13 31
17 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 30 4 17 9 8:16 -8 29
18 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 30 5 14 11 9:22 -13 29
19 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 30 5 11 14 15:30 -15 26
20 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 30 5 10 15 13:28 -15 25
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.