# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 31 17 13 1 32:8 24 64
2 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 31 18 8 5 35:11 24 62
3 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 31 15 11 5 26:13 13 56
4 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 31 14 10 7 30:23 7 52
5 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 31 12 15 4 33:10 23 51
6 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 31 12 10 9 27:22 5 46
7 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 31 12 10 9 20:19 1 46
8 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 31 9 15 7 26:23 3 42
9 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 31 9 14 8 21:19 2 41
10 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 31 10 9 12 18:18 0 39
11 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 31 9 11 11 22:26 -4 38
12 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 31 9 10 12 20:24 -4 37
13 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 31 8 10 13 23:34 -11 34
14 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 31 7 11 13 15:22 -7 32
15 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 31 8 8 15 18:31 -13 32
16 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 31 6 13 12 16:25 -9 31
17 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 31 4 17 10 9:18 -9 29
18 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 31 5 14 12 10:25 -15 29
19 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 31 5 12 14 15:30 -15 27
20 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 31 5 11 15 13:28 -15 26
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.