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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Karlsruher SC | 35 | 16 | 15 | 4 | 25:10 | 15 | 63 |
| 2 |
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Arminia Bielefeld | 35 | 17 | 11 | 7 | 26:15 | 11 | 62 |
| 3 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 35 | 16 | 10 | 9 | 29:19 | 10 | 58 |
| 4 |
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Preußen Münster | 35 | 15 | 12 | 8 | 23:16 | 7 | 57 |
| 5 |
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SV Wehen Wiesbaden | 35 | 13 | 16 | 6 | 27:16 | 11 | 55 |
| 6 |
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SV Darmstadt 98 | 35 | 10 | 18 | 7 | 12:11 | 1 | 48 |
| 7 |
|
VfL Osnabrück | 35 | 9 | 18 | 8 | 20:20 | 0 | 45 |
| 8 |
|
Chemnitzer FC | 35 | 8 | 19 | 8 | 19:18 | 1 | 43 |
| 9 |
|
Hansa Rostock | 35 | 9 | 16 | 10 | 20:20 | 0 | 43 |
| 10 |
|
Wacker Burghausen | 35 | 9 | 15 | 11 | 19:21 | -2 | 42 |
| 11 |
|
1. FC Saarbrücken | 35 | 10 | 12 | 13 | 20:25 | -5 | 42 |
| 12 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 35 | 8 | 17 | 10 | 20:21 | -1 | 41 |
| 13 |
|
Kickers Offenbach | 35 | 9 | 14 | 12 | 17:19 | -2 | 41 |
| 14 |
|
Borussia Dortmund II | 35 | 8 | 16 | 11 | 18:21 | -3 | 40 |
| 15 |
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SV Babelsberg 03 | 35 | 9 | 12 | 14 | 16:24 | -8 | 39 |
| 16 |
|
SpVgg Unterhaching | 35 | 8 | 15 | 12 | 14:22 | -8 | 39 |
| 17 |
|
VfB Stuttgart II | 35 | 6 | 20 | 9 | 12:16 | -4 | 38 |
| 18 |
|
Stuttgarter Kickers | 35 | 7 | 14 | 14 | 16:21 | -5 | 35 |
| 19 |
|
Hallescher FC | 35 | 4 | 21 | 10 | 11:18 | -7 | 33 |
| 20 |
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Alemannia Aachen | 35 | 5 | 17 | 13 | 10:21 | -11 | 32 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
