# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 18 12 5 1 36:10 26 41
2 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 18 12 5 1 32:11 21 41
3 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 17 11 6 0 36:13 23 39
4 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 17 12 3 2 36:19 17 39
5 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 17 11 4 2 31:14 17 37
6 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 17 11 2 4 28:17 11 35
7 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 18 9 5 4 27:19 8 32
8 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 17 8 6 3 24:18 6 30
9 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 18 8 4 6 30:29 1 28
10 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 18 6 7 5 32:24 8 25
11 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 17 6 7 4 15:14 1 25
12 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 17 7 4 6 15:16 -1 25
13 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 18 7 3 8 22:22 0 24
14 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 18 6 6 6 24:27 -3 24
15 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 18 5 8 5 17:20 -3 23
16 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 17 5 6 6 18:19 -1 21
17 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 17 5 6 6 14:16 -2 21
18 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 17 6 3 8 14:18 -4 21
19 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 18 5 5 8 17:18 -1 20
20 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 18 4 4 10 23:36 -13 16
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.