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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Eintracht Braunschweig | 21 | 13 | 4 | 4 | 17:7 | 10 | 43 |
| 2 |
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1. FC Kaiserslautern | 21 | 10 | 8 | 3 | 16:8 | 8 | 38 |
| 3 |
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1. FC Union Berlin | 21 | 10 | 7 | 4 | 18:10 | 8 | 37 |
| 4 |
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Hertha BSC | 21 | 8 | 10 | 3 | 12:4 | 8 | 34 |
| 5 |
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Energie Cottbus | 21 | 10 | 4 | 7 | 13:9 | 4 | 34 |
| 6 |
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TSV 1860 München | 21 | 7 | 9 | 5 | 11:7 | 4 | 30 |
| 7 |
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VfR Aalen | 21 | 7 | 9 | 5 | 9:7 | 2 | 30 |
| 8 |
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Jahn Regensburg | 21 | 7 | 8 | 6 | 12:10 | 2 | 29 |
| 9 |
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FSV Frankfurt | 21 | 7 | 7 | 7 | 10:10 | 0 | 28 |
| 10 |
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1. FC Köln | 21 | 6 | 9 | 6 | 10:9 | 1 | 27 |
| 11 |
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SC Paderborn 07 | 21 | 5 | 11 | 5 | 8:9 | -1 | 26 |
| 12 |
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Dynamo Dresden | 21 | 6 | 7 | 8 | 13:15 | -2 | 25 |
| 13 |
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FC Ingolstadt 04 | 21 | 4 | 10 | 7 | 8:9 | -1 | 22 |
| 14 |
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Erzgebirge Aue | 21 | 4 | 9 | 8 | 10:15 | -5 | 21 |
| 15 |
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VfL Bochum | 21 | 4 | 7 | 10 | 9:17 | -8 | 19 |
| 16 |
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SV Sandhausen | 21 | 4 | 7 | 10 | 12:21 | -9 | 19 |
| 17 |
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FC St. Pauli | 21 | 2 | 11 | 8 | 4:13 | -9 | 17 |
| 18 |
|
MSV Duisburg | 21 | 2 | 9 | 10 | 6:18 | -12 | 15 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
