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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Hertha BSC | 21 | 12 | 6 | 3 | 31:14 | 17 | 42 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 21 | 11 | 4 | 6 | 21:10 | 11 | 37 |
| 3 |
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FSV Frankfurt | 21 | 8 | 7 | 6 | 19:16 | 3 | 31 |
| 4 |
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1. FC Kaiserslautern | 21 | 6 | 12 | 3 | 17:13 | 4 | 30 |
| 5 |
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MSV Duisburg | 21 | 8 | 6 | 7 | 15:17 | -2 | 30 |
| 6 |
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VfR Aalen | 21 | 7 | 8 | 6 | 14:12 | 2 | 29 |
| 7 |
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SC Paderborn 07 | 21 | 7 | 8 | 6 | 19:18 | 1 | 29 |
| 8 |
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Erzgebirge Aue | 21 | 8 | 5 | 8 | 18:17 | 1 | 29 |
| 9 |
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TSV 1860 München | 21 | 6 | 11 | 4 | 13:12 | 1 | 29 |
| 10 |
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FC St. Pauli | 21 | 6 | 10 | 5 | 15:13 | 2 | 28 |
| 11 |
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Energie Cottbus | 21 | 6 | 10 | 5 | 13:14 | -1 | 28 |
| 12 |
|
VfL Bochum | 21 | 8 | 4 | 9 | 17:20 | -3 | 28 |
| 13 |
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FC Ingolstadt 04 | 21 | 7 | 6 | 8 | 17:15 | 2 | 27 |
| 14 |
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1. FC Köln | 21 | 5 | 11 | 5 | 14:13 | 1 | 26 |
| 15 |
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1. FC Union Berlin | 21 | 6 | 6 | 9 | 17:20 | -3 | 24 |
| 16 |
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Jahn Regensburg | 21 | 5 | 5 | 11 | 13:29 | -16 | 20 |
| 17 |
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SV Sandhausen | 21 | 3 | 9 | 9 | 13:22 | -9 | 18 |
| 18 |
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Dynamo Dresden | 21 | 1 | 10 | 10 | 6:17 | -11 | 13 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
