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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Hertha BSC | 24 | 14 | 7 | 3 | 33:14 | 19 | 49 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 24 | 11 | 5 | 8 | 22:13 | 9 | 38 |
| 3 |
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FC St. Pauli | 24 | 8 | 11 | 5 | 18:13 | 5 | 35 |
| 4 |
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Energie Cottbus | 24 | 8 | 11 | 5 | 15:14 | 1 | 35 |
| 5 |
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MSV Duisburg | 24 | 9 | 7 | 8 | 17:19 | -2 | 34 |
| 6 |
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SC Paderborn 07 | 24 | 8 | 9 | 7 | 22:19 | 3 | 33 |
| 7 |
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FSV Frankfurt | 24 | 8 | 9 | 7 | 20:19 | 1 | 33 |
| 8 |
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TSV 1860 München | 24 | 7 | 12 | 5 | 15:14 | 1 | 33 |
| 9 |
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VfL Bochum | 24 | 9 | 6 | 9 | 19:21 | -2 | 33 |
| 10 |
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1. FC Kaiserslautern | 24 | 6 | 14 | 4 | 17:14 | 3 | 32 |
| 11 |
|
VfR Aalen | 24 | 8 | 8 | 8 | 15:14 | 1 | 32 |
| 12 |
|
FC Ingolstadt 04 | 24 | 8 | 7 | 9 | 19:17 | 2 | 31 |
| 13 |
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1. FC Köln | 24 | 6 | 13 | 5 | 16:14 | 2 | 31 |
| 14 |
|
Erzgebirge Aue | 24 | 8 | 6 | 10 | 18:19 | -1 | 30 |
| 15 |
|
1. FC Union Berlin | 24 | 7 | 7 | 10 | 19:22 | -3 | 28 |
| 16 |
|
SV Sandhausen | 24 | 4 | 9 | 11 | 15:27 | -12 | 21 |
| 17 |
|
Jahn Regensburg | 24 | 5 | 6 | 13 | 13:31 | -18 | 21 |
| 18 |
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Dynamo Dresden | 24 | 3 | 11 | 10 | 9:18 | -9 | 20 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
