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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Eintracht Braunschweig | 12 | 9 | 2 | 1 | 23:9 | 14 | 29 |
| 2 |
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Hertha BSC | 11 | 7 | 4 | 0 | 17:7 | 10 | 25 |
| 3 |
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1. FC Union Berlin | 13 | 7 | 3 | 3 | 20:11 | 9 | 24 |
| 4 |
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Energie Cottbus | 12 | 6 | 4 | 2 | 18:9 | 9 | 22 |
| 5 |
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1. FC Kaiserslautern | 12 | 5 | 6 | 1 | 19:10 | 9 | 21 |
| 6 |
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1. FC Köln | 12 | 5 | 6 | 1 | 17:11 | 6 | 21 |
| 7 |
|
FSV Frankfurt | 12 | 6 | 2 | 4 | 16:12 | 4 | 20 |
| 8 |
|
FC St. Pauli | 12 | 5 | 4 | 3 | 17:13 | 4 | 19 |
| 9 |
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Erzgebirge Aue | 12 | 4 | 5 | 3 | 19:14 | 5 | 17 |
| 10 |
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TSV 1860 München | 12 | 4 | 4 | 4 | 13:10 | 3 | 16 |
| 11 |
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SV Sandhausen | 11 | 4 | 3 | 4 | 15:17 | -2 | 15 |
| 12 |
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Dynamo Dresden | 12 | 4 | 3 | 5 | 12:16 | -4 | 15 |
| 13 |
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FC Ingolstadt 04 | 12 | 3 | 5 | 4 | 15:17 | -2 | 14 |
| 14 |
|
VfL Bochum | 12 | 3 | 4 | 5 | 18:18 | 0 | 13 |
| 15 |
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SC Paderborn 07 | 12 | 3 | 3 | 6 | 16:15 | 1 | 12 |
| 16 |
|
VfR Aalen | 12 | 3 | 3 | 6 | 12:13 | -1 | 12 |
| 17 |
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MSV Duisburg | 12 | 3 | 3 | 6 | 14:21 | -7 | 12 |
| 18 |
|
Jahn Regensburg | 13 | 2 | 3 | 8 | 14:23 | -9 | 9 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
