# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 16 10 1 5 33:21 12 31
2 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 15 8 5 2 22:10 12 29
3 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 16 8 1 7 19:12 7 25
4 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 16 6 5 5 16:16 0 23
5 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 16 5 4 7 23:30 -7 19
6 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 16 3 9 4 16:16 0 18
7 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 16 4 6 6 20:22 -2 18
8 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 16 4 4 8 14:21 -7 16
9 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 15 4 3 8 15:19 -4 15
10 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 15 3 6 6 12:17 -5 15
11 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 16 3 6 7 20:28 -8 15
12 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 15 3 5 7 23:25 -2 14
13 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 16 2 8 6 14:22 -8 14
14 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 15 4 2 9 11:20 -9 14
15 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 15 4 2 9 14:24 -10 14
16 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 15 2 6 7 8:17 -9 12
17 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 15 2 5 8 13:27 -14 11
18 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 16 2 4 10 15:36 -21 10
19 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 15 1 6 8 8:30 -22 9
20 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 15 1 3 11 10:26 -16 6
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.